Chương trình đặt mục tiêu chung là thực hiện hiệu quả nội dung vệ sinh môi trường, an toàn thực phẩm, cấp nước sạch nông thôn trong xây dựng NTM, góp phần tạo ra môi trường sống ở nông thôn an toàn và bền vững; xây dựng cảnh quan nông thôn sáng - xanh - sạch - đẹp, an toàn, giàu bản sắc văn hóa truyền thống; góp phần bảo vệ sức khỏe, nâng cao chất lượng cuộc sống của người dân nông thôn, đưa nông thôn trở thành nơi đáng sống.

Theo đó, Chương trình phấn đấu tối thiểu 55% dân số nông thôn được tiếp cận bền vững với nước sạch đạt quy chuẩn với số lượng tối thiểu 60 lít/người/ngày; 40% dân số nông thôn được sử dụng nước sạch từ công trình cấp nước tập trung; đảm bảo cấp nước sạch sinh hoạt quy mô hộ gia đình cho các hộ dân tại những khu vực chưa có khả năng tiếp cận với nước cấp tập trung, vùng khan hiếm, khó khăn về nguồn nước, vùng thường xuyên bị ảnh hưởng thiên tai, hạn hán, xâm nhập mặn.

Ít nhất 50% số hộ nông thôn triển khai các giải pháp phân loại chất thải tại nguồn; 80% chất thải rắn sinh hoạt được thu gom và xử lý; mỗi tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương triển khai 1 - 2 mô hình xử lý chất thải sinh hoạt quy mô cấp huyện trở lên với công nghệ phù hợp.

50% số đơn vị cấp huyện có triển khai mô hình thu gom và xử lý nước thải sinh hoạt phi tập trung theo cụm hoặc theo khu vực phù hợp, hiệu quả.

Chương trình phấn đấu ít nhất 80% chất thải chăn nuôi và 60% phụ phẩm nông nghiệp phải được thu gom, tái sử dụng, tái chế thành các nguyên liệu, nhiên liệu và các sản phẩm thân thiện với môi trường; có 95% bao gói thuốc bảo vệ thực vật sau khi sử dụng được thu gom và xử lý theo đúng quy định.

100% chất thải rắn và 50% nước thải sản xuất của các làng nghề truyền thống được thu gom và xử lý theo quy định. 100% cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện đảm bảo an toàn thực phẩm; 80% số xã có tổ cộng đồng tự quản về vệ sinh an toàn thực phẩm.

Ít nhất 85% hộ gia đình nông thôn và 95% trường học, trạm y tế có nhà tiêu hợp vệ sinh được xây dựng và quản lý sử dụng đảm bảo tiêu chuẩn, quy chuẩn.