Theo báo cáo của Hiệp hội Phân bón Việt Nam,  hiện Hiệp hội có hơn 100 thành viên là doanh nghiệp sản xuất phân bón, chiếm hơn 70% thị phần phân bón trên thị trường. Trong 10 năm gần đây, kể từ khi Luật Thuế GTGT có hiệu lực năm 2014, việc đầu tư mới cho các dây chuyền sản xuất và ứng dụng công nghệ của các doanh nghiệp phân bón bị chậm lại. Một số nhà máy phân bón lớn là thành viên của Hiệp hội dây chuyền sản xuất vẫn rất lạc hậu.

Để giúp các doanh nghiệp phân bón trong nước cải thiện dây chuyền sản xuất, quy trình công nghệ, cũng như quá trình nghiên cứu, cải thiện sản phẩm, cần có sự điều chỉnh về thuế GTGT theo hướng đưa thuế GTGT từ diện không chịu thuế về diện chịu thuế GTGT 5%.

Ông Lê Văn Ngân - Chánh Văn phòng Hiệp hội Phân bón Việt Nam cho rằng, việc áp thuế GTGT 5% sẽ giúp doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước được khấu trừ đầu vào, doanh nghiệp sẽ có động lực đầu tư vào dây chuyền sản suất mới, hiện đại.

“Các đơn vị sản xuất phân bón trên thế giới họ ứng dụng khoa học công nghệ rất tiên tiến, hiện đại, giúp tăng năng suất sản xuất, giảm chi phí giá thành sản phẩm. Chính vì vậy, khi áp dụng quy định thuế GTGT 5% thì chắc chắn doanh nghiệp sẽ đầu tư vào công nghệ, từ đó giúp Việt Nam có thêm các sản phẩm phân bón thế hệ mới, phân bón công nghệ cao và phân bón thân thiện với môi trường. Khi đó, chúng ta sẽ có những cải tiến về năng suất, chất lượng nông sản, sản phẩm của Việt Nam đi ra thế giới sẽ dễ dàng hơn” - ông Lê Văn Ngân nói.

Theo Đại biểu Quốc hội Trịnh Xuân An - Ủy viên Thường trực Ủy ban Quốc phòng và An ninh của Quốc hội, Nghị trường Quốc hội thời gian qua đã rất “nóng” với vấn đề này vì Luật Thuế GTGT ảnh hưởng lớn đến người dân, đặc biệt là người nông dân.

Quan điểm nhất quán của Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội trong việc xây dựng và ban hành chính sách là không để gây thiệt hại cho người dân, doanh nghiệp. Đại biểu Trịnh Xuân An cho rằng, thuế GTGT với phân bón có giá trị không chỉ dừng lại ở mặt kinh tế mà còn liên quan đến nhiều khía cạnh khác, vì vậy cần lắng nghe ý kiến góp ý từ các chuyên gia, các đánh giá dưới góc độ khoa học để có sự thống nhất cao.

“Chúng ta phải giải quyết bài toán ở đây là liệu chúng ta đưa từ không chịu thuế lên chịu thuế 5% thì nó có làm tăng giá sản phẩm, có ảnh hưởng bất lợi đến người nông dân hay không, đối với nông nghiệp hay không; có bị các doanh nghiệp sản xuất phân bón lợi dụng chuyện đó để tăng giá, để gây ra những vấn đề bất lợi cho nông sản không.

Tôi thấy rằng, điều này đã được phân tích rất rõ trong báo cáo với những số liệu rất chi tiết người dân được gì, ngân sách được gì; hai nữa là doanh nghiệp nhập khẩu thì người ta cũng sẽ phải bình đẳng với doanh nghiệp trong nước” - đại biểu Trịnh Xuân An nêu ý kiến.

Đồng quan điểm này, chuyên gia kinh tế PGS. TS Đinh Trọng Thịnh cho rằng, việc mặt hàng phân bón không phải chịu thuế GTGT (VAT) là không phù hợp, tất cả các loại hàng hoá đưa vào sử dụng trong nền kinh tế quốc dân đều phải chịu thuế GTGT để đảm bảo tính công bằng. Trên thực tế việc áp thuế 5% đối với mặt hàng phân bón đã được tính toán kỹ lưỡng và thực hiện ở thời điểm năm 2015 trở về trước rồi.

“Chúng ta áp thuế 5% thì thực tế là chúng ta quay trở lại chế độ thuế mà chúng ta đã áp từ năm 2015 trở về trước, chúng ta đã áp thuế 5% rồi và bây giờ quay trở lại thôi. Nói về cơ sở khoa học thì chúng tôi tính toán hiện nay thuế GTGT đầu vào nó chiếm khoảng 3,83% giá trị của phân bón. Vì thế, nếu chúng ta áp 5% thì có nghĩa là hầu hết các doanh nghiệp phân bón đủ để khấu trừ thuế VAT đầu vào, có nghĩa là nó phù hợp với thực tế và nó đủ cơ sở khoa học. Nhưng đồng thời nó cũng không làm ảnh hưởng đến giá trị của sản phẩm nông nghiệp tăng lên, vì chúng ta biết rằng là chúng ta khấu trừ nó gần như hết rồi.

Thêm nữa với việc chúng ta khấu trừ được thuế VAT đầu vào giá thành sản xuất phân bón giảm xuống, doanh nghiệp phân bón nếu bán giá hiện nay thì tự nhiên sẽ được lợi nhuận cao hơn, và họ có điều kiện để đổi mới máy móc thiết bị, đổi mới công nghệ, ứng dụng các khoa học công nghệ mới vào việc sản xuất các loại bón mới phù hợp hơn với thị trường, với môi trường, và đồng thời họ có thể hạ giá thành” - PGS. TS Đinh Trọng Thịnh nói.

Ông Nguyễn Văn Được - Ủy viên thường trực Hội Tư vấn Thuế Việt Nam nhấn manh, phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT sẽ gây ra nhiều bất cập. Bởi khi thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ và phải tính vào chi phí của doanh nghiệp, làm giảm lợi nhuận, buộc họ phải cộng tiền thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ đã tính vào chi phí trong giá sản phẩm bán ra. Như vậy, người nông dân gián tiếp phải trả thuế, gây thiệt hại “kép” cho nông dân với phân bón giả, phân bón có giá thành cao, đồng thời có thể dẫn đến Nhà nước thất thu thuế.

Đó là chưa kể việc canh tranh không bình đẳng giữa doanh nghiệp sản xuất trong nước với doanh nghiệp nhập khẩu phân bón - do doanh nghiệp nhập khẩu có lợi thế không phải chịu thuế GTGT… Vì vậy, việc áp thuế GTGT 5% đối với mặt hàng này sẽ đảm bảo cạnh tranh công bằng với các doanh nghiệp, tạo điều kiện để phát triển thị trường phân bón lành mạnh, về lâu dài mang lại lợi ích cho cả nhà nước, doanh nghiệp và nhà nông.